Toute théorie est construire en faisant un certain nombre d'hypothèses (équivalentes aux postulats en mathématique). Le problème est qu'il y a souvent des hypothèses sous-jacentes parfois inconnues de l'auteur de la théorie. Cela se produit d'autant plus facilement que la théorie est reprise ou complétée par d'autres auteurs.
Par exemple en économie, la théorie de l'équilibre général (dont Valras était un ardent défenseur) était acceptée fin du 19eme siècle début du 20eme siècle car il y avait autant d'équations que de variables et beaucoup d'économistes en déduisaient alors que le "marché" était ce qu'il y avait de mieux pour la société. Il a fallu attendre le travail de Debreu (prix "Nobel" d'économie 1983, publication 1959) pour savoir sous quelles conditions mathématiques, il existait une solution unique et stable. Problème, la condition de convexité des préférences ne se vérifie pas en population générale mais il y a encore des économistes qui y croient.
En cosmologie, la théorie de l'inflation admet sans le dire que la courbure de l'univers est positive d'où ces images erronées de bulles (il faut bien faire rêver le grand public) alors que nos observations montrent que cette courbure est infime mais rien de plus (positive, négative, nulle ?). Cette image de bulles est d'autant plus erronée qu'une bulle se développe dans quelque chose alors que l'univers existe sans qu'il y ait besoin de quelque chose de plus.
En mécanique quantique, lors de la démonstration de son théorème, Bell avait implicitement supposé la localité alors qu'une théorie des variables cachées non locales est possible. En fait ce qui est important comme résultat dans tout ça c'est que la mécanique quantique est non locale mais sans remettre en question la théorie relativiste d'Einstein. Les variables cachées non locales n'amènent rien de plus (rien de nouveau à ce sujet sous le soleil depuis 100 ans).